Podemos distinguir una estructura externa y una estructura interna.

EXTERNA:

La obra se divide en tres actos o jornadas:
Acto Primero: Planteamiento: en él se nos presenta la mayoría de los
personajes y se introduce el conflicto: el Comendador quiebra la armonía social y la
armonía política.
Acto Segundo: Nudo : entre los villanos y el Comendador se producen una
serie de enfrentamientos individuales que desembocarán en el enfrentamiento
colectivo. Ciudad Real es reconquistada por los monarcas.
Acto Tercero: Desenlace: el pueblo entero acude a la Casa de la
Encomienda y asesina al Comendador y sus secuaces (excepto Flores que escapa).
La obra finaliza con dos secuencias paralelas en las que los Reyes perdonan
sucesivamente al Maestre y a la villa de Fuente Ovejuna.

INTERNA:

Cada acto es un pequeño drama con planteamiento, nudo y desenlace.
En el Acto Primero: triunfa el bien, Frondoso se enfrenta al Comendador y
lo derrota.
En el Acto Segundo: triunfa el mal, el Comendador afrenta a todo el pueblo
al interrumpir la boda y llevarse presos a los novios.
En el Acto Tercero: triunfa nuevamente el bien, los oprimidos, cuando los
Reyes conceden su perdón.
Lope alterna los episodios climáticos y anticlimáticos. Los primeros dominan
especialmente en los actos segundo y tercero, cuya nota predominante es el
dramatismo (esto en la Primera acción, la Segunda en este aspecto es sólo marco del
relato principal). Por ejemplo, al final del Acto II se celebra la boda, momento
anticlimático, y en su transcurso irrumpe el Comendador, momento climático; al
principio del Acto III pasa lo mismo, la reunión de los vecinos es un momento de
sosiego que es interrumpido por la llegada de Laurencia desmelenada, momento de
fuerza, climático.